2008年4月25日，
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，環保署環評大會退回蘇花高環境影響差異分析報告，
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，要求由新政府決定，
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，興建案經近十年爭議，
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，回到原點。蘇花高可說是台灣十多年來爭議最大的交通建設，
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，行政院1998年核定可行性研究報告，
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，並指示先行辦理蘇澳花蓮段工程規畫，到2000年環保署通過蘇花高環境影響說明書，准予開發，生態永續與建設發展的兩造立場就一直爭議不休。全長96公里的蘇花高，規畫從蘇澳的蘇澳交流道到花蓮吉安鄉，必須建造11座40公里以上的長隧道、20座橋梁，而橋梁和隧道占全線的92%，沿途經過17個地質敏感區位，包括太魯閣國家公園、觀音海岸自然保護區、清水斷崖自然保護區、南澳水質水源保護區、蘇澳冷泉地下水管制區、保育及野生動物區等，興建高速公路對環境衝擊大。由於反對蘇花高的聲浪未曾停歇，蘇花高未能依規定在環評通過後的3年內動工，依法需重新提出《環境現況差異分析及對策檢討報告》；2007年嚴長壽、侯孝賢、林懷民、童子賢及花蓮在地學生召等，公開反對興建蘇花高；2008年環評審查委員會決定，蘇花高計畫退回開發單位。2008年7月，時任行政院長劉兆玄提出「蘇花替」的新概念，將蘇花公路切成三段，先興建中段的南澳到和平段，但環保團體仍認為改建路段經過蘇花海岸自然保護區、觀音海岸野生動物自然保護區，反對蘇花替。2010年梅姬颱風帶來豪雨造成蘇花公路發生開通以來最嚴重的災情，在「打造一條安全回家的路」的氣氛下，蘇花替更名為台九線蘇花公路山區路段改善計畫，簡稱蘇花改，有條件通過環評、准予施工，預計2017年通車。蘇花改因行車速率規範、內側路肩寬度及路線等都與原蘇花高規畫差不多，環保團體仍質疑為蘇花高興建預做準備；2011年1月底蘇花改動工後，一如環團之前擔憂，東澳隧道工程因斷層，山壁湧水、抽坍，又挖到1700年前的漢本遺址，工程停工，後又有包商倒閉等，工程進度嚴重落後，交通部推估，全線完工將延後到2019年了。，