1949年5月，
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，台灣實施軍事戒嚴，
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，1950年4月20日，
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，成立台灣防衛總司令部，
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，孫立人首任台灣防衛總司令。為因應需求，
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，同年6月起，
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，與台灣省保安司令部，
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，分別執行軍人與非軍人戒嚴業務。後又在1958年5月，與台灣省保安司令部、台北衛戌總司令部，合併成為台灣警備總司令部。1949年，1月21日蔣介石下野，以中國國民黨總裁身分指揮國軍；2月11日，美國麥克阿瑟將軍派特使到台灣，專機邀孫立人到東京會談，希望孫承擔防衛台灣責任，但孫表示支持蔣介石，此事雖由孫立人請陳誠告知蔣，卻已埋下心結。同月，青年軍第201師調台灣受訓。9月1日，孫立人任台灣防衛部司令；10月，201師在金門古寧頭戰役大捷。11月，孫立人再兼東南軍政長官公署副長官。1950年，3月1日蔣總統復行視事；17日，孫立人出任陸軍總司令。然而，留美非黃埔嫡系的孫立人，已是功高震主，加上不滿蔣經國引入紅軍政工制度，已不見容於兩蔣情治系統；23日，孫立人英文祕書黃正與組長黃玨姊妹，被誣為匪諜逮捕，拉開整肅序幕。同年4月20日，孫立人仍以陸軍總司令兼任台灣防衛總司令。但6月起，孫立人舊屬、在東北前線降共又輾轉來台的新7軍李鴻中將等300多人，又陸續被誣涉匪諜案。1954年6月24日孫立人調任無實權總統府參軍長；12月3日《中美共同防禦條約》簽訂，政權穩固，已不需要孫立人維繫台美關係，終於放上最後一根稻草─郭廷亮匪諜案，一代名將孫立人1955年被迫去職，無限期軟禁，直到1988年蔣經國去世才獲自由。（左圖中為慶90歲大壽時的孫立人，本報資料照片），