日本政府發言人官房長官菅義偉14日在記者會上，
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，針對台灣15日起對日輸入食品加強管制之舉批判指出，
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，「這是沒科學根據的單方面措施，
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，令人極感遺憾！」菅義偉強調，
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，將強烈要求台灣方面撤除輸入管制措施，
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，且持續要求台灣，
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，對於日本食品的安全性要依科學根據來判斷。日本農林水產省大臣林芳正12日在記者會上曾表示，
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，也考慮向世界貿易組織（WTO）提訴。但菅義偉並未提及此事，僅表示，「首先先要強烈要求台灣撤除加強管制措施」。《產經新聞》報導，日方派農林水產省、經濟產業省課長級官員赴台，13日在台北針對加強日本食品輸入管制措施進行協商，結果談判破裂。日方要求延後實施加強輸入管制的日期，但台灣方面堅持如期實施。產經說，15日起，凡自日本港口、機場輸台的食品都將被加強管制，15日起所有日本輸台食品可能全面停止。但台日雙方一致同意，要採取因應措施，避免日本食品暫停輸台期間拖長。有日本媒體人士表示，儘管台灣方面否認2次協商無破局，但以日方觀點來看，台方未能應日要求撤銷這項嚴格的新制，就代表協商實質破局。《時事通信社》發自台北的報導則指出，約460家日本企業參加的台北市日本工商會幹部抱怨說，「台灣當局要求的證書根本無法取得，所以形同15日起日本食品無法輸出台灣的狀況。」 另據《靜岡新聞》報導，在日本最大綠茶生產地靜岡縣，很多製茶批發商與台灣有生意往來，台灣若加強管制，來自靜岡縣的必須再附產地證明及輻射物質檢測證明，而茶的輻射物質檢測費用是，每件商品需花費數千日圓至數萬日圓，對業者而言，不管是費用還是時間上都是很大負擔。農水省指出，台灣方面自2011年起所做的輻射物質檢測，日本的茶都未超出台日雙方的標準值。《靜岡新聞》引述靜岡市葵區的製茶批發商社長指出，台灣貿易商要求，下批貨起要附輻射物質檢測證明，以現狀來看，只能因應了。有其他的社長則說，與所費的工夫和費用相比，利益並不是那麼大，輸出量較小的茶業廠商也可能會放棄輸台。日食品禁輸台？食藥署：仍可進來驗1批貨要價數萬 日商喊苦馬英九：解決偽標問題 再開放，