交通部版的高鐵財改方案遭國民兩黨立委一致反對後，
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，交通部長葉匡時辭職以對政策負責，
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，但也堅持交通部不再提新財改方案，
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，將接管高鐵。這讓政府面臨7千億的高鐵接管支出，
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，以及台灣高鐵公司將對政府提出超過3千億的求償，
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，全民為高鐵背負逾一兆元債務。毛院長應負起責任，盡快提出新高鐵財改方案，突破僵局。高鐵案走到行政、立法決裂的困境，交通部難辭其咎，除了高鐵財改方案內容，引發爭議外，交通部毫不接受各界提出的調整方案，堅持己見，將令民眾反感。以高鐵特許期為例，交通部將高鐵特許期從35年再延長40年，這已改變原高鐵BOT招標規則，正當性不足，也難怪外界會有圖利財團的質疑；另，交通部將高鐵增減資後的未來獲利率訂為5.9%，遠低於國際上的BOT案平均15%的獲利率，亦是學者專家認為，高鐵財改計畫不可行的主因之一。此外，學者專家也提出高鐵財改解套建議，以時間換取高鐵現金需求壓力等，所以，破產、接管絕非高鐵目前唯一可行的方案。立法院交通委員會藍綠立委都表示，交通部可提出新高鐵財改方案送審，為高鐵財務困境解套，但交通部卻像是吃了秤砣鐵了心，不願意評估新建議就直接說NO。只是現在應該不是行政和立法單位鬧脾氣的時候了，高鐵肩負台灣重大運輸重責，行政院及交通部不該用最激烈的接管手段，處理高鐵問題，造成政府、民眾、投資者三輸的局面。，